La barrière de corail située à environ 500 mètres au large de Puerto Morelos appartient à la barrière de corail mésoaméricaine, le deuxième plus grand système récifal au monde, qui s'étend sur près de 1 000 kilomètres du nord du Yucatán aux îles de la Baie au Honduras. Le Mexique a accordé à cette section une protection fédérale en 1998, décrétant le Parque Nacional Arrecife de Puerto Morelos, à Puerto Morelos, Q.R., Mexique — une bande marine d'environ 9 000 hectares équipée de bouées d'amarrage fixes au lieu de mouillages. Des frais de conservation de 125 MXN par personne et par jour servent à financer ces bouées et les gardes forestiers qui les surveillent. Toute personne envisageant la meilleure excursion de plongée en apnée à Cancún se trouve face à une eau qui était légalement protégée avant que la zone hôtelière ne soit totalement développée. La géographie a fait le premier travail. La crête du récif brise la mer ouverte des Caraïbes à environ un kilomètre, laissant un lagon peu profond de sable et d'herbes marines où la houle arrive déjà atténuée. Puerto Morelos s'est développé en tant que port de chicle et de bois dur sur ces eaux calmes ; le phare de 1946 penche toujours sous l'angle que l'ouragan Beulah lui a donné en 1967, et demeure la structure la plus photographiée de la ville. Les coopératives de pêche qui exploitaient autrefois le lagon pour le homard détiennent aujourd'hui la plupart des permis de bateau du parc, ce qui explique pourquoi tant de meilleures excursions de plongée en apnée à Cancún partent d'une jetée de village en activité plutôt que d'une marina de complexe hôtelier. Plus au nord, le paysage sous-marin est en partie artificiel. Le Museo Subacuático de Arte, commencé en 2009 dans le canal entre Cancún et Isla Mujeres, contient plus de 500 sculptures en béton de Jason deCaires Taylor, coulées délibérément pour détourner le trafic du corail vivant. Le récif d'El Meco se situe plus près, au bord marin des canaux de mangrove qui drainent la Laguna Nichupté — la raison pour laquelle les excursions guidées sur le récif au départ de Cancún peuvent commencer dans un lagon plutôt qu'en pleine mer. Ce que les voyageurs comparant les billets pour la meilleure excursion de plongée en apnée à Cancún voient finalement, c'est un récif en réparation. Le corail corne d'élan, autrefois constructeur dominant le long de ce plateau, s'est gravement amincie après les mortalités massives des années 1980, et la maladie de perte de tissus coralliens a atteint les eaux de Quintana Roo en 2018. Des pépinières de corail cultivent maintenant des fragments sur des structures en acier pour les replanter sur la crête. Les tortues vertes broutent les herbiers marins, les poissons-perroquets rasent les algues du fond dur, et des bancs de sergents-majors restent en station au-dessus de coraux cerveaux vieux de plusieurs siècles. La protection ici est un travail actif, mesuré en colonies transplantées et en coques comptées.